عوارض ریوي مهم ترین علت بیماري و مرگ و میر در کسانی است که مبتلا به HIV هستند. از این میان، پنومونی مکتسب از اجتماع شایع ترین است و ناشی از پاتوژنهاي معمولی دستگاه تنفسی است. PCP نخستین عفونت فرصت طلب بود که گزارش شد. بیشتر بیماران دچار PCP شمارش CD٤ کمتر از ٢٠٠ سلول در میلی متر مکعب دارند. سل و سل مقاوم به چند دارو (MDRTB) در مبتلایان به ایدز شایع هستند.