زیدان پس از مسابقات جام جهانی ۲۰۰۶ از فوتبال خداحافظی کرد و به این ترتیب رئال مادرید آخرین تیم باشگاهی و فینال جام جهانی ۲۰۰۶ آخرین بازی حرفه‌ای او بود. در همین فینال ضربهٔ سر او به شکم ماتراتزی و کارت قرمزی که دریافت کرد، یکی از جنجالی‌ترین لحظات تاریخ زندگی‌اش را در آخرین لحظات عمر حرفه‌ای‌اش رقم زد.
زیدان از والدینی الجزایری در مارسی به دنیا آمده‌است و جوان‌ترین فرزند خانوادهٔ هفت نفری خود است (چهار خواهر و برادر بزرگ‌تر دارد). پدر و مادرش، اسماعیل و ملیکه، نام داشتند و نسب‌شان به روستایی در الجزایر برمی‌گشت. حزب دست راستی فرانسه، جبهه ملی، ادعا می‌کرد که پدر زیدان در جریان جنگ استقلال الجزایر از «حرکی»ها بوده‌است (یعنی از کسانی که در رکاب ارتش فرانسه و علیه الجزایر جنگیده‌اند) اما زیدان این ادعا را به شدت رد کرده‌است. زیدان همیشه گذشته و تاریخ خود را ارج نهاده‌است زیدان در ۱۹۹۳ با ورونیک، رقاص و مدل اسپانیایی‌الاصل، ازدواج کرد. آن‌ها چهار پسر به نام‌های انزو (زادهٔ ۲۴ مارس ۱۹۹۵)، لوکا (زادهٔ ۱۳ مه ۱۹۹۸)، تئو (زادهٔ ۱۸ مه ۲۰۰۲) و الیاس (زادهٔ ۲۶ دسامبر ۲۰۰۵) دارند.