با انحلال تیم شاهین و پیوستن بازیکنان این تیم به پرسپولیس، از زمستان ۱۳۴۶ تیم فوتبال پرسپولیس دومین دوره فعالیت خود را آغاز کرد که تا به امروز نیز ادامه دارد و این تیم عنوان پرافتخارترین تیم فوتبال ایران را همچنان در اختیار دارد.