انگشت‌نگاری ژنتیکی یک شکل از روشRFLP است که امکان می‌دهد تصویر کلی‌تری از ساختار ژنوم به‌دست آید. به جای توجه کردن به یک واحد RFLP ، انگشت‌نگاری ژنتیکی، تعداد زیادی از RFLP را در یک زمان می‌آزماید. یکی از راههای اجرای این کار، استفاده از کاوشگرهای مخلوط است که از چندین مولکول مختلفDNA ساخته شده و تعدادی از قسمتهای مختلف ژنوم را هدف قرار می‌دهد.

مهم‌ترین کاربرد این تکنیک