مارکرهای ژنتیکی انواع مختلفی دارند که ساده ترین آنها عبارتند از: یک تنوع قابل کنترل ژنتیکی، که می تواند تحت بررسی قرار گیرد(قابل مشاهده باشد) و از قوانین وراثتی مندل تبعیت کند. یکی از مثال های این مارکرها همان رنگ پوست می باشد؛ مثلاً صورت سفید در گاو Hereford یا دور کمر سفید در گاو Belted Gulloway و خوک Saddleback . اخیراً پلی مورفیسم پروتئین ها به خصوص گروه های خونی برای تعیین شجره در گونه هایی مثل انسان، اسب، گاو و سگ به کار گرفته شده است. این پروتئین های مارکر، کارایی کمی به عنوان مارکرهای ژنتیکی دارند؛ چون خیلی متداول نیستند، به میزان کمی بیان می شوند و یا در بافت خاصی موجود هستند که ردیابی آنها را دشوار می کند.