ا وجود ادغام کنکور سراسری و کنکور دانشگاه آزاد ، انتخاب رشته این دو دانشگاه به صورت جداگانه انجام می شود. سامانه رسمی انتخاب رشته دانشگاه آزاد معمولا در هفته آخر مرداد ماه برای متقاضیان شرکت در این دانشگاه فعال می شود و داوطلبان می توانند از طریق نشانی اینترنتی azmoon.org انتخاب رشته خود را انجام دهند.