در قسمت اول این فیلم اتان هانت مامور شاخه غیر رسمی سازمان سیا است تیم آنها به رهبری جیم فلپس به پراگ فرستاده میشود تا از نشت اطلاعات کمیته المپیک جلوگیری کند اما عملیات ناکام میماند برای همین اتان هانت باید به دنبال عامل نفوذی بگردد. در قسمت دوم این فیلم دکتر ولادمیر نیکو ویچ ویروس ناشناخته وجدیدی را ساخته وبرای آن یک پادزهر هم درست کرده اومیخواهد این ویروس به همراه درمانش را به اتان هانت برساند اما در هواپیما ودر هنگام تحویل یک تبهکار که از افراد شون آبرامز است با پوشیدن ماسک خودرا به شکل اتان هانت در آورده است وویروس به چنگ شون آبرامز می افتد حالا اتان هانت مامور میشود تا این ویروس را تا پیش از آلوده شدن مردم از چنگ ربایندگان درآورد. در قسمت سوم این فیلم اتان(تام کروز) وتیمش باید به جعبه ای به نام پای خرگوش را شناسایی کنند که از محتویات وکارکرد آن اطلاع دقیقی ندارند. درقسمت چهارم زمانی که مشخص می شود سازمان مسئول انفجار در کرملین بوده است‌ ، تصمیم گرفته می شود تا این سازمان برای همیشه تعطیل شود ، اما «اتان هانت» و گروه جدیدش برای اثبات بی گناهی و پاک کردن نام سازمان خود از این اتهام ، بر خلاف دستورات مقامات بالاتر وارد عملیاتی می شوند و