در چند سال اخیر، روش پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد دانشگاه آزاد، با تغییراتی همراه بوده است بدین صورت که کنکور کارشناسی ارشد دانشگاه آزاد حذف شده و با کنکور کارشناسی ارشد دانشگاه سراسری ادغام گردیده است. در واقع هنگام ثبت نام کنکور کارشناسی ارشد سراسری، ثبت نام برای دانشگاه آزاد نیز انجام می شود