پس از نصب WHMCS و تامین امنیت WHMCS نوبت به پیکربندی کلی سیستم از جمله پرتال کاربران و مدیریت آن می باشد. پیکربندی کلی WHMCS در منوی Setup در مدیریت WHMCS می باشد. تنظیمات عمومی در WHMCS یا General Setting مرکز اصلی تنظیمات این سیستم می باشد که امکان شخصی سازی سیستم را به شما می دهد.