تنظیمات دامنه در WHMCS پس از نصب WHMCS و تامین امنیت WHMCS نوبت به پیکربندی کلی سیستم از جمله پرتال کاربران و مدیریت آن می باشد. پیکربندی کلی WHMCS در منوی Setup در مدیریت WHMCS می باشد.