داستان و ماموریت اصلی در Ghost Warrior 2 از آن جایی شروع میشود که نیروی ex-Delta از گروه تک تیر انداز ها که بیشتر به گروه امنیتی مخفی مشهور هستند و این گروه توسط Cody “Sandman” Anderso یکی از اشخاص مهم در این نیرو اداره میشود و در طول بازی شما در چهار قسمت از داستان بازی کنترل کاپیتان Cody “Sandman” Anderso را در اختیار دارید.قبل از انجام هر ماموریت شما یک محتوی کلی از مرحله ای که باید در آن ماموریت ها خود را به انجام برسانید دریافت میکنید و این قابلیت از ویژگی های جدید در بازی است.