مشکلات ژنتیکی برای فرزندان کسانی که ازدواج فامیلی کرده اند، اصلی ترین دلیل برای این است که کارشناسان توصیه کنند که افراد اقدام به ازدواج فامیلی نکنند. در واقع مهم ترین مسئله، مسئله پزشکی است اما حوزه های دیگر نیز می توانند به مبحث ازدواج فامیلی وارد شوند. در ذیل به برخی از مهم ترین معایب و مزایای آن می پردازم و آنها را مورد بررسی قرار می دهم.