در سال ۱۹۷۳ با وقوع کودتای پینوشه بسیاری از انقلابی‌های پیشرو از جمله آلِنده به قتل رسیدند و بسیاری دیگر نیز بازداشت شدند. خارا نیز در جمع دانشجویان دانشکده فنی دستگیر شد و به همراه تعداد زیادی از دانشجویان به استادیوم سانتیاگو منتقل شد. در آن‌جا استخوان‌های دست و انگشت‌های او را شکستند و از او خواستند در حضور سایر بازداشت‌شدگان آواز بخواند و او ترانه «ما پیروز خواهیم شد» سرود مخصوص حزب اتحاد مردمی را خواند.[ در روز ۱۶ سپتامبر جسد تیرباران شدهٔ او را در کنار خیابان پیدا کردند.