مارکرهای ژنتیکی انواع مختلفی دارند که ساده ترین آنها عبارتند از: یک تنوع قابل کنترل ژنتیکی، که می تواند تحت بررسی قرار گیرد(قابل مشاهده باشد) و از قوانین وراثتی مندل تبعیت کند. یکی از مثال های این مارکرها همان رنگ پوست می باشد؛ مثلاً صورت سفید در گاو  Hereford  یا دور کمر سفید در گاو Belted Gulloway  و خوک Saddleback  . اخیراً پلی مورفیسم پروتئین ها به خصوص گروه های خونی برای تعیین شجره در گونه هایی مثل انسان، اسب، گاو و سگ به کار گرفته شده است. این پروتئین های مارکر، کارایی کمی به عنوان مارکرهای ژنتیکی دارند؛ چون خیلی متداول نیستند، به میزان کمی بیان می شوند و یا در بافت خاصی موجود هستند که ردیابی آنها را  دشوار می کند.

 اولین فرم های DNA مارکر که برای ساختن اولین نقشه های ژنومیکی مورد استفاده قرار گرفت همانRFLP ها بودند (restriction  fragment  length  polymorphism ) . تکنیک آنالیز RFLP از آنزیم های محدود کننده باکتریایی استفاده می کند که می تواند به DNA در نواحی تشخیصی بسیار اختصاصی که حدود 6-4 باز دارند متصل شده و مولکول DNA را قطعه قطعه کند. آنزیم های محدود کننده بسیاری وجود دارند که هرکدام دارای ناحیه تشخیصی به خصوصی هستند . در تئوری، تنوع موجود در جایگاه شناسایی آنزیم های محدود کننده در ژنوم قابل بررسی است به این ترتیب که تمام ژنوم توسط یک آنزیم محدود کننده هضم شده و قطعات حاصل توسط الکتروفورز  ژلی مورد مطالعه قرار می گیرند؛ اما به دلیل ازدیاد این جایگاه ها ،تعداد قطعات بوجودآمده بسیار زیاد خواهند بود. به همین دلیل قطعات حاصل از هضم ژنومی توسط ژل الکتروفورز جدا شده و به یک ماتریکس جامد منتقل می شوند .در  ادامه پلی مورفیسم های موجود در یک ژن خاص  توسط پروب های مختص همان ژن که توسط مواد رادیواکتیو نشان دار شده اند شناسایی    می شود. این روش به ما کمک می کند تا بتوانیم هر لوکوس را به صورت مجزا مطالعه کنیم و روش خوبی برای مطالعه تنوع ها در نقطه خاصی از یک ژن می باشد . تکنیک RFLPبرای غربال کردن و پیدا نمودن حاملین نقص های ژنتیکی به کار گرفته می شود مثل بیماری نقص چسبندگی لوکوسیت های گاو(BLAD)

گاهی اوقات می توان چندین لوکوس را بطور همزمان غربال کرد مثلاً برای تولید اثر انگشت ژنتیکی برای تشخیص افراد موردنظر. تکنیک های زیادی وجود دارند که می توانند RFLP  ها  را در لوکوس های مختلف در یک زمان شناسایی کنند. روش جدیدی وجود دارد که برای شناسایی RFLP ها از پروب هایی استفاده می کند که مکمل توالی تکراری هستند که در ژنوم وجود دارد؛البته این روش بصورت متداول استفاده نمی شود.

 توالی تکراری ریز ماهواره ها(mini- satellite) معمولاً 50-20 جفت باز دارند، در یک لوکوس بارها تکرار شده اند (حدود100-10تکرار)، تنوع در تعداد این تکرارها در یک لوکوس معین باعث به وجود آمدن آلل های زیاد و متنوعی می شود که به آنهاVNTR (توالی تکراری متغیر) گفته می شود. این مارکرهای VNTR برای مشخص شدن رابطه میان افراد در جمعیت های وحشی به کار گرفته شده اند (برای رسم شجره) .همچنین برای ترسیم نقشه های ژنتیکی کارایی بالایی دارند؛ هرچند آنالیز یک یا چند لوکوس به این روش، نیازمند پروب های رادیواکتیو می باشد که انجام این کار را سخت و زمان بر می کند.